Вы молодцы, правильно описали схему сотрудничества. Курьер применяет кассу как агент, выручка засчитывается на ИНН принципала, то есть ваш. В чеке указывается, кто получатель выручки де-факто. Если у вас с курьерской службой один оператор фискальных данных (ОФД), вы можете следить за движением средств в личном кабинете, видеть, сколько и когда курьер принял денег. Но это можно сделать, когда будет формат фискальных данных ФФД 1.05 и выше. Кстати, если вы только через курьеров работаете, вам касса не нужна.